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基于高通量測序技術(shù)的魚類環(huán)境DNA研究中通用引物的篩選驗(yàn)證

摘要:為了篩選出一個(gè)或多個(gè)適宜研究環(huán)境DNA(environmental DNA,eDNA)的魚類通用引物,本實(shí)驗(yàn)選取了5對引物,分別對魚類線粒體細(xì)胞色素b(Cytochromeb,Cytb)基因、16SrDNA和細(xì)胞色素c氧化酶Ⅰ(COⅠ)基因部分片段進(jìn)行擴(kuò)增。在對兩個(gè)水樣eDNA進(jìn)行擴(kuò)增后發(fā)現(xiàn),引物CY45M和1634M均擴(kuò)增出目的條帶,且擴(kuò)增產(chǎn)物質(zhì)量適用于后續(xù)的高通量測序,而引物CYFM、16ACM和COⅠM均沒有擴(kuò)增出目的條帶。繼續(xù)對另外7個(gè)水樣eDNA擴(kuò)增后發(fā)現(xiàn),引物CY45M和1634M在所有水樣eDNA中均取得良好的擴(kuò)增效果。對目的產(chǎn)物進(jìn)行IlluminaMiseq測序后發(fā)現(xiàn),引物CY45M和1634M擴(kuò)增產(chǎn)物注釋上的魚類物種均為11種,二者獲得的魚類種類既存在差異也存在重復(fù)。綜上所述,引物CY45M和1634M都可作為魚類群落結(jié)構(gòu)eDNA研究的通用引物。

關(guān)鍵詞:
  • 引物驗(yàn)證  
  • 環(huán)境dna  
  • 高通量測序  
  • 錢塘江  
作者:
張愛菊; 郝雅賓; 郭愛環(huán); 劉金殿; 練青平; 周志明
單位:
浙江省淡水水產(chǎn)研究所; 中國水產(chǎn)科學(xué)研究院東海水產(chǎn)研究所浙江研究中心; 浙江省淡水水產(chǎn)遺傳育種重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室; 農(nóng)業(yè)農(nóng)村部淡水漁業(yè)健康養(yǎng)殖重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室; 浙江湖州313001
刊名:
浙江農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào)

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浙江農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào)緊跟學(xué)術(shù)前沿,緊貼讀者,國內(nèi)刊號為:33-1151/S。堅(jiān)持指導(dǎo)性與實(shí)用性相結(jié)合的原則,創(chuàng)辦于1989年,雜志在全國同類期刊中發(fā)行數(shù)量名列前茅。