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考慮基因與基因間的交互作用的基因組選擇方法研究

摘要:綜合考慮主基因效應以及基因間的交互效應對植物選育種的作用是基因組選擇研究關注的熱點問題之一.目前已有的研究大多忽略了基因的交互效應,這主要是由于考慮交互效應會大大增加備選基因的數(shù)目,從而導致已有的統(tǒng)計建模方法不穩(wěn)定.本文將基因效應與基因間的交互效應同時引入模型,提出三步模型構建方法以達到簡化計算和提高模型預測精度的目標.第一步,不考慮具體模型,通過距離相關篩除方法刪掉與響應變量顯著無關的基因;第二步,在剩下的基因中,利用貝葉斯方法篩選可能的基因;第三步,基于選出的基因,同時考慮單基因效應和交互效應,利用懲罰方法選擇模型并估計參數(shù).通過模擬計算說明我們提出的方法與已有的一步模型選擇方法相比具有計算簡單、穩(wěn)健、運行時間少并且預測精度高等優(yōu)點.最后,將本文的方法應用于油菜花數(shù)據(jù),實證分析表明,我們提出的方法顯著地提高花期性狀的預測精度.

關鍵詞:
  • 交互效應  
  • 變量篩選  
  • 貝葉斯方法  
作者:
劉妍巖; 王蕊; 趙燕; 鄒君
單位:
武漢大學數(shù)學與統(tǒng)計學院; 武漢430072; 河南工業(yè)大學理學院; 450001; 華中農(nóng)業(yè)大學植物科學技術學院; 武漢430070
刊名:
應用數(shù)學學報

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期刊名稱:應用數(shù)學學報

應用數(shù)學學報緊跟學術前沿,緊貼讀者,國內(nèi)刊號為:11-2040/O1。堅持指導性與實用性相結合的原則,創(chuàng)辦于1976年,雜志在全國同類期刊中發(fā)行數(shù)量名列前茅。