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摘要：本研究以54頭河流型水牛和70頭沼澤型水牛為研究對(duì)象，并以從NCBI數(shù)據(jù)庫(kù)中下載的普通牛、野牦牛、野牛、綿羊、小鼠和人的序列作對(duì)照，對(duì)乳成分中重要的K-酪蛋白（kappacasein）編碼基因cs們的密碼子使用偏好性及水牛與其他物種間CSN3基因密碼子使用的差異和進(jìn)化關(guān)系進(jìn)行了深入分析。結(jié)果表明：兩種類型水牛CSN3基因密碼子使用特征相似，河流型水牛CSN3基因共有26個(gè)偏好使用的密碼子，而沼澤型水牛共有27個(gè)；其中，兩類水牛偏好性較強(qiáng)的密碼子均為GUU、UCA、AGU、CCA、AGG、GGU和GGA（RSCU≥2），河流型水牛對(duì)Asp的兩種密碼子GAU、GAC沒(méi)有使用偏好性，而沼澤型水牛偏好使用GAC；河流型水牛編碼Asp和Cys的同義密碼子RSCU值為1，而沼澤型水牛只有編碼Cys的同義密碼子RSCU值為1。研究發(fā)現(xiàn)，所有物種CSN3基因均偏好使用以A／U結(jié)尾的密碼子，但不同物種之間偏好使用密碼子種類和數(shù)目均有差異。在密碼子使用頻率上，水牛CSN3基因與其他牛科物種的差異小于與小鼠、人的差異。密碼子使用偏好聚類分析表明，河流型與沼澤型水牛親緣關(guān)系最近，聚為一類，然后依次與其他牛、綿羊、小鼠和人等物種相聚。