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河流型與沼澤型水牛CSN3基因密碼子使用特征分析

摘要:本研究以54頭河流型水牛和70頭沼澤型水牛為研究對象,并以從NCBI數(shù)據(jù)庫中下載的普通牛、野牦牛、野牛、綿羊、小鼠和人的序列作對照,對乳成分中重要的K-酪蛋白(kappacasein)編碼基因cs們的密碼子使用偏好性及水牛與其他物種間CSN3基因密碼子使用的差異和進(jìn)化關(guān)系進(jìn)行了深入分析。結(jié)果表明:兩種類型水牛CSN3基因密碼子使用特征相似,河流型水牛CSN3基因共有26個偏好使用的密碼子,而沼澤型水牛共有27個;其中,兩類水牛偏好性較強(qiáng)的密碼子均為GUU、UCA、AGU、CCA、AGG、GGU和GGA(RSCU≥2),河流型水牛對Asp的兩種密碼子GAU、GAC沒有使用偏好性,而沼澤型水牛偏好使用GAC;河流型水牛編碼Asp和Cys的同義密碼子RSCU值為1,而沼澤型水牛只有編碼Cys的同義密碼子RSCU值為1。研究發(fā)現(xiàn),所有物種CSN3基因均偏好使用以A/U結(jié)尾的密碼子,但不同物種之間偏好使用密碼子種類和數(shù)目均有差異。在密碼子使用頻率上,水牛CSN3基因與其他??莆锓N的差異小于與小鼠、人的差異。密碼子使用偏好聚類分析表明,河流型與沼澤型水牛親緣關(guān)系最近,聚為一類,然后依次與其他牛、綿羊、小鼠和人等物種相聚。

關(guān)鍵詞:
  • 河流型水牛  
  • 沼澤型水牛  
  • ??莆锓N  
  • csn3基因  
  • 密碼子偏好性  
  • 聚類分析  
作者:
范新陽; 邱立華; 羅國祥; 張永云; 滕曉紅; 苗永旺
單位:
云南農(nóng)業(yè)大學(xué)動物科學(xué)技術(shù)學(xué)院; 云南昆明650201; 云南省大理州家畜繁育指導(dǎo)站; 云南大理671000; 云南農(nóng)業(yè)大學(xué); 農(nóng)科專業(yè)基礎(chǔ)實(shí)驗(yàn)教學(xué)示范中心; 云南昆明650201
刊名:
云南農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)報·自然科學(xué)

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云南農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)報·自然科學(xué)緊跟學(xué)術(shù)前沿,緊貼讀者,國內(nèi)刊號為:53-1044/S。堅(jiān)持指導(dǎo)性與實(shí)用性相結(jié)合的原則,創(chuàng)辦于1986年,雜志在全國同類期刊中發(fā)行數(shù)量名列前茅。