摘要:[目的]建立刨花潤楠SSR-PCR最佳反應(yīng)體系,從樟科樹種SSR引物中篩選多態(tài)性高的引物,并對刨花潤楠遺傳多樣性進(jìn)行分析。[HTH][方法]對影響PCR反應(yīng)體系的5個因素設(shè)置7個水平,利用正交設(shè)計L 16 (4 5)進(jìn)行優(yōu)化,確定最佳體系,并用該體系從187對候選引物中進(jìn)行引物篩選。利用軟件POPGENE1.32、PowerMarkerv3.25、FSTAT、GenAlex6.5、Structure2.3和POPTREE分別計算觀測等位基因數(shù)目(Na)、觀察雜合度(Ho)、期望雜合度(He)、多態(tài)性信息量( PIC )、基因流(Nm),進(jìn)行群體遺傳結(jié)構(gòu)分析和UPGMA法聚類分析。[結(jié)果]刨花潤楠最佳體系(20 μL)為: Taq 酶1.0 U、dNTPs 0.25 mmol·L -1 、Mg^ 2+ 1.25 mmol·L ^-1 、引物0.5 μmol·L^-1 、模板50 ng。最終篩選出12對具有多態(tài)性高的SSR引物。 Na、Ho、He和PIC 的平均值分別為15.083、0.576、0.751和0.722,表明種群具有較豐富的遺傳多樣性;Nm 平均值為1.500,種群間存在頻繁的基因交流;UPGMA將24個種源聚為3類,與Structure分析結(jié)果一致。[結(jié)論]本研究成功優(yōu)化了刨花潤楠SSR-PCR反應(yīng)體系,并獲得12對適用于刨花潤楠的SSR引物,刨花潤楠種群遺傳多樣性豐富,種群間存在頻繁的基因交流,24個種源可聚為3類。
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