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摘要：目的研究2016-2017年鹽城市手足口病病原CVA9型腸道病毒VP1基因分子進(jìn)化特征。方法對(duì)2016-2017年鹽城市疑似手足口病例標(biāo)本進(jìn)行病原體分子分型分析;以RT-PCR法擴(kuò)增CVA9型腸道病毒VP1基因全長(zhǎng)編碼區(qū)并測(cè)序,采用生物信息學(xué)軟件進(jìn)行核苷酸及氨基酸序列比對(duì)及基因種系進(jìn)化特征分析。結(jié)果2016-2017年鹽城市共檢測(cè)1 002例疑似病例標(biāo)本,腸道病毒核酸陽(yáng)性率38.32%,主要型別為EV71型112例(占29.17%),CVA16型94例(占24.48%),其他腸道病毒共178例(占46.35%)。檢出2株CVA9型,其核苷酸、氨基酸同源性分別為94.7%、99.3%,與原型株Griggs(D00627)核苷酸、氨基酸同源性分別為80.4%~81.3%、92.7%;與引起其他癥狀各代表株(包括無(wú)癥狀健康兒童攜帶者)的核苷酸、氨基酸同源性為81.1%~97.2%、94.0%~99.3%。遺傳進(jìn)化樹(shù)分析顯示2毒株在C4分支中構(gòu)成2條明顯的傳播鏈:CVA9/JS-yancheng/122/2016位于單獨(dú)的小分支,CVA9/JS-yancheng/419/2016與2016年無(wú)癥狀健康兒童攜帶者四川株(LC361283)聚集成簇構(gòu)成另一傳播鏈。共檢測(cè)31例重癥病例,13例腸道病毒通用核酸陽(yáng)性,陽(yáng)性率41.93%,其中EV71型11例、CVA型2例。結(jié)論2016-2017年鹽城市引起手足口病的CVA9病毒屬于散在流行,非手足口病流行的主要基因型別,與國(guó)內(nèi)部分省市引起手足口病的毒株共進(jìn)化共循環(huán),與引起其他癥狀類(lèi)型的CVA9毒株存在差異。