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野生矮牡丹高通量轉(zhuǎn)錄組測(cè)序分析

摘要:為探究野生稷山矮牡丹(Paeonia jishanensis)花青素等抗氧化活性物質(zhì)生物合成的遺傳基礎(chǔ),本文采用高通量測(cè)序技術(shù)Illumina NextSeqTM500對(duì)其幼嫩葉片、嫩莖和花芽混合池樣本進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序分析。共獲得39450個(gè)unigene,其中3563個(gè)unigene中有4106個(gè)SSR位點(diǎn)。在Swiss Prot數(shù)據(jù)庫(kù)中注釋到29420個(gè)unigene,其中11個(gè)與花青素生物合成過程相關(guān),22個(gè)與類黃酮生物合成過程相關(guān),15個(gè)與異黃酮生物合成過程相關(guān);NR數(shù)據(jù)庫(kù)中注釋高達(dá)100%,有12個(gè)與類黃酮生物合成相關(guān),7個(gè)與花青素生物合成相關(guān);GO數(shù)據(jù)庫(kù)中注釋到24291個(gè)unigene,分為生物學(xué)過程、細(xì)胞組分及分子功能等三大類53個(gè)功能組,有21個(gè)unigene與黃酮、黃酮醇及異黃酮生物合成有關(guān),4個(gè)unigene與花青素合成有關(guān);eggNOG數(shù)據(jù)庫(kù)中注釋到38238個(gè)unigene,涉及植物生長(zhǎng)發(fā)育過程絕大多數(shù)生命活動(dòng)過程;KEGG數(shù)據(jù)庫(kù)注釋到5709個(gè)unigene,分別定位到6大類別42個(gè)代謝途徑,其中25個(gè)unigene與花青素生物合成相關(guān)。研究表明,在稷山矮牡丹轉(zhuǎn)錄組序列中,共鑒定和發(fā)掘出多個(gè)涉及類黃酮化合物生物合成、花青素生物合成過程的相關(guān)基因序列及SSR位點(diǎn),為下一步開展相關(guān)代謝合成途徑研究奠定了基礎(chǔ)。

關(guān)鍵詞:
  • 稷山矮牡丹  
  • 轉(zhuǎn)錄組測(cè)序  
  • 基因分析  
  • 功能注釋  
作者:
黃春國(guó); 王炳華; 胡桃花; 韓曉麗; 李文廣; 李萍; 郝興宇
單位:
山西農(nóng)業(yè)大學(xué)農(nóng)學(xué)院; 太谷030801; 山西農(nóng)業(yè)大學(xué)林學(xué)院; 太谷030801; 山西省農(nóng)業(yè)信貸融資擔(dān)保有限公司; 太原030001; 山西省朔州市氣象局; 朔州036000
刊名:
激光生物學(xué)報(bào)

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激光生物學(xué)報(bào)緊跟學(xué)術(shù)前沿,緊貼讀者,國(guó)內(nèi)刊號(hào)為:43-1264/Q。堅(jiān)持指導(dǎo)性與實(shí)用性相結(jié)合的原則,創(chuàng)辦于1992年,雜志在全國(guó)同類期刊中發(fā)行數(shù)量名列前茅。